Региональная общественная организация "Открытая Россия" была учреждена акционерами НК ЮКОС и рядом физических лиц в конце 2001 года. В числе ее благотворительных проектов - литературная премия "Букер - Открытая Россия", программы "Институт открытой экономики" и "Правосудие". Расходы организации в в 2003 году составляли 9 млн долларов, в 2004 году - 30 млн. долларов.
В России филантропические усилия Ходорковского были направлены прежде всего на повышение уровня образования. и создание гражданского общества. Он рассказывал о своих планах так: "Мы хотим создать в России здоровое гражданское общество, причем не просто в абстрактных понятиях. Жизнь становится легче, когда подобные вещи существуют. Для нас это трезвое деловое решение".
После ареста председателя правления "Открытой России" Михаила Ходорковского его функции некоторое время исполнял другой акционер ЮКОСа, заместитель председателя правления "Открытой России" Леонид Невзлин. В период президентской предвыборной кампании он финансировал экс-сопредседателя СПС Ирины Хакамады в качестве кандидата в президенты, хотя и заявил, что делает это как частное лицо, и заявил об уходе из "Открытой России".
Его заменил - "на период вынужденного отсутствия Михаила Ходорковского" - бывший член Совета Федерации от Мордовии Николай Бычков, который в структурах, принадлежащих акционерам ЮКОСа, работал с начала 90-х годов. Членами правления были Ирина Ясина, Александр Осовцов и Анатолий Ярмолин.
16 марта 2006 года счета "Открытой России" в размере 5,5 млн. долларов, размещенные в банке "Траст", были арестованы в связи с постановлением Басманного районного суда, удовлетворившего ходатайство Генпрокуратуры. По мнению следствия, арестованные денежные средства, находящиеся на счетах организации, принадлежат осужденным - бывшему главе ЮКОСа Михаилу Ходорковскому и главе МФО "МЕНАТЕП" Платону Лебедеву. Прежде, в конце 2005 года организация подверглась десятичасовому обыску, который при поддержке ОМОНа провели в фонде сотрудники Генпрокуратуры.
Однако представители "Открытой России" настаивали, что деньги находились в собственности организации на законных основаниях и предназначались для финансирования гражданских образовательно-просветительских проектов более чем в сорока регионах России.
Заместитель председателя правления "Открытой России" Ирина Ясина заявила тогда, что главной причиной активных действий прокуратуры против "Открытой России" является то, что у истоков организации стоял Михаил Ходорковский.После замораживания средств деятельность "Открытой России" была полностью остановлена - организация вынуждена свернуть финансирование всех программ и проектов, которые она вела.
Так как "Открытая Россия" являлась благотворительным проектом Ходорковского, деятельность которой продолжалась и после его ареста и осуждения главного спонсора, с исчезновением этого фонда из общественной жизни страны убрано последнее упоминание о главном враге Путина.