Похороны папы готовятся обычно с момента его избрания на престол. Папа заранее выбирает себе место упокоения в одном из подземелий собора святого Петра. Заранее готовятся по его росту три гроба - кипарисовый, оловянный и бронзовый, мраморная надгробная плита с надписью, на которой отсутствует только дата смерти; похоронная речь на пергаменте и черный кожаный футляр для нее, который затем вкладывается в гроб, как и мешок из красного сафьяна с монетами и медалями, отчеканенными во время истекшего понтификата.
Место упокоения пап - т.н. "Ватиканские гроты" Соборе Св. Петра. Собор Святого Петра начал строить в 326 году первый христианский император Рима Константин Великий на том месте, где Петр был похоронен. Историки предполагают, что святой был распят вниз головой в цирке Нерона, который находился на территории нынешнего Ватикана. Похоронен он был на ближайшем кладбище.
В результате многолетних археологических раскопок, проводимых под базиликой Св. Петра, был обнаружен гроб первого Папы. Он находится точно под папским алтарём Ватиканской базилики. Это захоронение является знаком того, что каждый епископ Рима является наследником св. Петра, и в силу своей должности "пастыря всей Церкви имеет полную, верховную и повсеместную власть над Церковью".
Сначала на месте захоронения возникла трехнефная базилика (сегодня ее уровень и размеры отмечают Ватиканские гроты, где находятся различные архитектурные фрагменты: скульптуры, мозаики, саркофаги, сохранившиеся от первоначальной постройки). Этот подземный крипт римского собора Святого Петра, где похоронен сам апостол и где спят вечным сном его многочисленные преемники на папском престоле - одно из самых почитаемых верующими католиками мест на Земле.
В 1939 году Святой Престол разрешил провести археологические раскопки в крипте Ватиканской базилики. Раскопки в центральной части базилики привели к сенсационным находкам. Сначала был обнаружен огромный мраморный ковчег, внутри которого находился небольшой надгробный памятник в виде маленькой часовенки с нишей. Оказалось, что это первый памятник, установленный во II в. на месте захоронения св. Петра.
Мощи св. Петра были найдены двумя метрами выше уровня первоначальной могилы. Они были перенесены туда императором Константином во время сооружения мраморного ковчега. Однако официально признал это захоронение могилой апостола лишь папа Павел VI в 1976 году.
Крипту украшает статуя работы великого флорентийского скульптора и архитектора XIII веке Арнольфо ди Камбио. Она изображает Святого Петра "райским ключником" - с зажатыми в руке символическими ключами от рая, теми, что согласно евангельскому сказанию, Иисус Христос вручил апостолу Петру.